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BD Rhapsody 助力单细胞测序研究

发布时间:2021-07-13

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 单细胞测序技术自2009年问世,2013年被Nature Methods评为年度技术以来,越来越多地被应用在科研领域。自此,单细胞测序技术被广泛应用于基础科研和临床研究

   单细胞在许多领域都占有一席之地,对于癌症早期的诊断、追踪以及个体化治疗具有重要意义。

 

 

 

 

基本原理

 

 

   单细胞测序首先不是仅仅对一个细胞进行测序,而是说该项技术能对单一细胞的基因组或转录组进行测序,可以理解为单细胞水平上的测序。

   为什么要进行单细胞测序?世界上没有两片相同的叶子,对于多细胞生物来说细胞与细胞之间是存在差异的,很多时候是基因组、转录组上的失之毫厘,功能上的差之千里。比如在肿瘤组织中,肿块中心的细胞与肿块周围的细胞,原发灶与转移灶的细胞,其基因组与转录组等遗传信息是存在差异的,这也就导致不同肿瘤细胞表现出免疫特性、生长速度、侵袭能力等表型方面的差异,最终导致对不同抗肿瘤药物的敏感性不同或放疗敏感性的差异。
   传统测序方法所展示的信息也是在多细胞水平上的平均信息,而单细胞水平上的测序则完全可以反应同一个细胞群里不同细胞的基因组和转录组状况。单细胞测序技术的出现,使得从混杂的样品中筛选出异质性信息的难题得以解决,该技术的成熟使用也必将生命科学研究向前迈进一大步

 

 

 

 

BD Rhapsody

 
 

   BD Rhapsody™单细胞分析系统应运而生,此系统的诞生基于 BD 在细胞生物学领域 40年的专业技术,克服了传统检测的局限性,能够对成千上万个单细胞的数百个表达基因同时进行数字定量,每个细胞提取独立数据,体现异质性,可以鉴定和表征新型和罕见细胞类型,有助于理解从免疫学到肿瘤学等多个领域内的生物学过程。

 

  BD重磅推出的Rhapsody™单细胞分析系统克服了传统检测的局限性,如微阵列和大量细胞 RNAseq,传统检测依赖于对多个细胞的平均检测,来实现对细胞间微妙差异的观察。与其他单细胞分析系统相比,BD Rhapsody™的特点及优势在于:

 

1.更高的采样灵敏度

靶向分析方法有助于提高单细胞测序效率,Rhapsody系统提供的检测试剂盒(panel)可稳定的重现细胞异质性的数据,可用于探索与众多应用相关的细胞类型。且与全转录组扩增的mRNA分析相比,Rhapsody系统对罕见转录有更低的检测阈值。

 

2.克服 PCR 偏差 — BD分子标签

当对序列读取进行计数时,PCR 扩增偏差可导致基因定量不准确。Rhapsody采用“分子标签”技术,能为单细胞中每个转录本标记特异性分子标签,实现了单细胞水平上基因表达谱的绝对定量,同时,每个细胞也会被标记特异性细胞标签,这使高通量平行建库成为可能。

 

3.单细胞成像系统

对单细胞分离过程进行质控,监控细胞存活率、单细胞分离效率,有效保证实验成功率。

 

4.更高的转录本检测特异性

系统通过特有的数据分析流程,去除PCR错误扩增产物,降低细胞非特异性表达水平。

 

5.更高的分辨率

可以分辨更细分、微观的细胞群和细胞亚种群。

 

6.更经济的测序和设备预算

结合Rhapsody特有的单细胞分离技术,单次实验可制备100-10000个单细胞文库,用户可根据需求定制引物,将检测范围集中在目标基因,大幅降低后续测序成本。

 

 

   随着人们逐渐意识到单细胞研究对认识人自身以及疾病的重要性,单细胞测序技术的诞生恰逢其时。目前单细胞测序已经广泛用于微生物学、神经学、人体发育、免疫、癌症、辅助生殖等领域的研究。相信此次BD Rhapsody单细胞分析系统的闪亮登场,能够为目前高速发展中的精准医学带来浓墨重彩的一笔。

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